Não há muito tempo, Lily Vachovski confirmou a teoria popular com os fãs que a trilogia da matriz é uma alegoria para a vida de transgênero:
Fico feliz que tenha sido a nossa ideia inicial. O que as pessoas falam sobre "matrizes" como filmes sobre a transformação. Esses filmes são significativos para transgêneros, eles são adequados para mim e dizem: "Esses filmes salvaram minha vida". Porque quando você fala sobre transformação no mundo da ficção científica, é apenas o jogo de imaginação e a ideia de que é impossível ser possível. É por isso que esses filmes são tantos para eles mesmos.
Em uma entrevista com o Yahoo Entertainment, que Keanu Rivz deu a ocasião da saída da longa continuação de Bill e Ted, o ator perguntou se ele sabia sobre esses significados da "matriz". Ele respondeu:
Eu nunca falei sobre isso com Lily. Ela não explicou nada assim. Eu acho que todos os filmes "matriz" são pessoas muito profundas e diferentes podem investir diferentes alegorias nelas. Mas legal que Lily nos disse tudo isso.
Para a questão se o filme "Matrix 4" estará trabalhando em que continuam, também um filme sobre Transgênero, Rivz riu e disse:
Não sei. Eu acho que o novo filme será aberto novamente para interpretações.